Năm 1932 sau khi nhà máy hóa chất Chisso, Nhật Bản đi vào họat động họ đã dùng luôn vịnh Minamata làm nơi chứa chất thải có chứa thủy ngân hữu cơ của nhà máy. Sau nhiều năm tích tụ, môi trường biển đã bị ô nhiễm nghiêm trọng và đây là vụ ô nhiễm môi trường công nghiệp lớn nhất Nhật Bản trong thế kỉ 20. Hậu quả là làm cho hàng nghìn người bị nhiễm độc Hg và hàng trăm người khác đến nay vẫn còn ảnh hưởng đến sức khỏe.
Những người dân ở đây trước đó ăn cá đánh bắt trong vịnh đã phát bệnh. Triệu chứng ban đầu thường gặp là thị lực giảm, nói khó khăn, có các cơn co thắt, những người nặng hơn thì bị co giật, bứt rứt, phát điên và cuối cùng là tử vong.
Theo con số thống kê , trên 900 người đã bị chết, dến tháng 4/1997 có trên 17000 người được xếp vào diện nhà nước phải cấp giấy chứng nhận “nạn nhân Minamata” và trên 12.000 người khác được ghi nhận nhiễm độc thủy ngân.
Trong nhiều năm, những nạn nhân bị nhiệm độc thủy ngân đã đấu tranh đòi bồi thường thiệt hại. Năm 1973, lần đầu tiên nhà máy Chisso phải bồi thường số tiền là 18 triệu yên. Năm 1996, chính phủ Nhật Bản đã chỉ thị cho công ty Chisso phải bồi thường tiếp 25.8 triệu yên cho 10.353 nạn nhân trước đây chưa được công nhận là nạn nhân và chưa được bồi thường.
Sau hơn 26 năm duy trì lệnh cấm, đầu năm 1998 chính quyền thành phố Chisso mới bãi bõ lệnh cấm và cho phép hoạt động trở lại các hoạt động đánh bắt cá tại vùng vịnh Minamata, do tình trạng ô nhiễm thủy ngân tại khu vực này đã được khắc phục
